地球系统模式CESM2.0 | 环境配置及安装

CESM（Community Earth System Model）是由美国国家大气中心（National Center For Atmospheric Research，NCAR）于1996研发的地球系统模式，是目前最先进、使用最广泛的地球系统模式之一。CESM利用耦合器协同大气、海洋、陆面、海冰等分量模式进行气候模拟。

CESM由大气模式（CAM）、海洋模式（POP）、陆面模式（CLM）、海冰模式（CICE）和陆冰模式（CISM）5个分量模式以及控制各分量交互的耦合器（CPL）组成，每个分量模式由动力模式和数据模式等多种选择，可以进行多种组合满足不同的研究目的，并且各分量模式及耦合器均为并行模型，它们同时支持分布式内存和共享内存两种并行机制，可以非常灵活的使用各种计算资源。

模型先后经历了CESM1.x.x，CESM2.x.x 多个版本的迭代， 经过多年的发展和沉淀，直到最近的CESM2.2.0版本。分量模式也增加了河流模式（RTM），形成现在“六位一体”的格局，模型水平结构和垂直结构也变得越来越复杂详尽。

整个模式的代码由FORTRAN编程语言所写。随着版本的更新和发展，为了更好地管理和调度各个模块，其模型中也添加了部分Python, Perl等语言脚本，但这些脚本旨在管理模型，并不参与模型结构本身。整个模型代码总量预计在5万行以上。

由于模型结构较为复杂，且以代码构成，没有可视化界面。

模型需要在Linux系统环境中运行，新手入门需花些时间成本。首先要对Linux的 “命令行” 交互模式进行适应。

模型的成功安装依赖于其所在的系统环境，因此需要对其进行配置和搭建。

现以Linux的Ubuntu 18.04版本为例，对CESM2.X 所需的模型环境进行配置；

  G' v( _0 x8 Q" X7 e' j! y( p  C

所需软件及依赖包

. [5 z0 X* N, q, u% ~0 l: r/ e& |8 h

主要包括C、FORTRAN等编译器，mpi并行计算库，netcdf文件的并行读取库、make安装工具等等，列表如下：

gcc gfortran make m4 libtool libxml2-utils python

libxml-libxml-perl libcurl4-openssl-dev liblapack-dev libblas-dev

mpich libmpich-dev sudo cmake git zlib

HDF5 Pnetcdf netcdf netcdf-fortran

如果你具有系统的管理员权限，可利用Ubuntu的apt包管理工具实现一键安装，十分方便；

对于有些包，apt管理工具中可能没有或找不到，那就只能选择源码自行编译安装。本例以apt安装基础包，源码自行编译安装非基础包对两种安装方式都进行讲解，代码如下：

9 P* Q- Y; M6 Y3 _, D3 w

01 安装基础包

• 
  
  [Shell] 纯文本查看 复制代码

  apt-get -y --no-install-recommends --assume-yes install gcc gfortran make m4 libtool libxml2-utils python libxml-libxml-perl libcurl4-openssl-dev liblapack-dev libblas-dev mpich libmpich-dev sudo cmake git
  
  apt-get clean

  
  

02 安装zlib

• 
  
  [Shell] 纯文本查看 复制代码

  ZDIR=/usr/local/zlib        #定义环境变量
  
  cd /usr/local/src/zlib-1.2.11                 
  
  ./configure --prefix=${ZDIR} 
  
  make 
  
  make check 
  
  make install 
  
  rm -rf /usr/local/src/zlib-1.2.11 

  
  & t" S! t! ~7 u: m8 f2 c* o; y

03  安装HDF5

• 
  
  [Shell] 纯文本查看 复制代码

  H5DIR=/usr/local/hdf5
  
  cd /usr/local/src/hdf5-1.10.4
  
  CC=mpicc CFLAGS=-w ./configure --prefix=${H5DIR} --with-zlib=${ZDIR} --enable-parallel --enable-hl 
  
  make 
  
  make check
  
  make install 
  
  rm -rf /usr/local/src/hdf5-1.10.4

  
  

% c5 [7 Z! F* p

04  安装pnetcdf

• 
  8 _, ?! ^* G+ W+ v
  [Shell] 纯文本查看 复制代码

  PNDIR=/usr/local/pnetcdf
  
  cd /usr/local/src/pnetcdf-1.11.0 
  
  MPICC=mpicc CFLAGS="-fPIC -g -O2" ./configure --prefix=${PNDIR} --enable-shared --enable-profiling
  
  make
  
  make tests 
  
  make check
  
  make ptests 
  
  make install 
  
  rm -rf /usr/local/src/pnetcdf-1.11.0

• 
  
  
  % x. \0 X1 B' u/ J5 s

05 安装netcdf

• 
  
• 
  
  [Shell] 纯文本查看 复制代码

  NCDIR=/usr/local/netcdf4
  
  cd /usr/local/src/netcdf-c-4.6.2
  
  CC=mpicc CPPFLAGS="-I${PNDIR}/include -I${H5DIR}/include -I${ZDIR}/include" LDFLAGS="-L${PNDIR}/lib -L${H5DIR}/lib -L${ZDIR}/lib" ./configure --prefix=${NCDIR} --enable-parallel-tests --enable-parallel
  
  make
  
  make check
  
  make install 
  
  rm -rf /usr/local/src/netcdf-c-4.6.2

• 
  
• 06安装netcdf-fortran
  
  

• [Shell] 纯文本查看 复制代码

  NFDIR=/usr/local/netcdff4
  
  cd /usr/local/src/netcdf-fortran-4.4.5
  
  CPPFLAGS=-I${NCDIR}/include LDFLAGS=-L${NCDIR}/lib ./configure --prefix=${NFDIR} 
  
  make
  
  make check
  
  make install
  
  rm -rf /usr/local/src/netcdf-fortran-4.4.5

  
  8 c. [, `8 a' z

07 建立动态链接库

• 
  
• 
  
  
  4 R0 v9 s9 r* [2 l; i. d

[Shell] 纯文本查看 复制代码

echo ${NCDIR}/lib > /etc/ld.so.conf.d/netcdf.conf 

echo ${NFDIR}/lib >> /etc/ld.so.conf.d/netcdf.conf 

echo ${ZDIR}/lib >> /etc/ld.so.conf.d/netcdf.conf 

echo ${H5DIR}/lib >> /etc/ld.so.conf.d/netcdf.conf 

echo ${PNDIR}/lib >> /etc/ld.so.conf.d/netcdf.conf 

ldconfig

[/size][/font][p=null, 2, center][font=新宋体][size=3]

结语

2 u8 g+ w& j% |: c5 j
" V, S( r$ X' `; e+ n) M% I

如此，CESM2.X以上版本的环境就搭建好了。当然，每台机器的基本配置有所差异，如CPU不同，安装Linux发行版不同，此过程中可能会出现由于小问题。当然，如果这些问题都顺利通过，那基本上CESM模型的环境就搭建好了。搭建好之后，就可以进行CESM模型的下载及安装了！

0 H8 I) i9 i+ E1 q2 Y; N$ \