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虹彩病毒是变温脊椎动物的一种重要病原体，被认为是对水产养殖鱼类生产的一个重大威胁。其中，大黄鱼虹彩病毒自2003年首次被报道以来，由于缺乏合适的细胞培养模型，研究进展缓慢。近日，凌恩生物客户浙江省海洋水产研究所及福建农林大学发表文章“Genetic and Pathogenic Characterization of a New Iridovirus Isolated from Cage-Cultured Large Yellow Croaker (Larimichthys crocea) in China”，组装获得了大黄鱼（Larimichthys crocea）中虹彩病毒基因组，并首次对大黄鱼中虹彩病毒的遗传和致病性特征化进行系统研究，扩展了研究人员对虹彩病毒的了解。
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3 ~6 r: q) H; k4 u; X 发表期刊：Viruses（IF=5.818） & t: z5 }; O" A) Y$ {
发表时间：2022
( L) t9 L2 t1 F 样本类型：大黄鱼的鳃、脾脏和肾脏的组织样本
! ~: ]3 q- T, U& W" u 作者单位：浙江省海洋水产研究所&福建农林大学
+ Y9 l/ b, _" i. W- n& L3 j 实验方法：电镜观察、病毒基因组测序等
5 [) a9 _ X4 W; X! D& a4 Z4 C: t 主要结果
( h1 o( T4 g1 U/ B6 ~# v7 v3 K 1、病原体的鉴定 $ j- J2 `/ b9 P4 ^0 I- p/ `/ p
根据电镜结果，细胞质中有大量的病毒颗粒。病毒颗粒直径为150-200 nm，具有电子致密核心（图1）。qPCR结果表明，6条感染鱼中有3条对大黄鱼虹彩病毒（LYCIV）呈阳性，Ct值分别为28.11、23.76和31.30。其余三个样品的Ct值分别为0、36.76和37.84。 0 c1 |; t5 N0 i- x% r
图1 脾脏组织细胞中病毒颗粒的电镜图。A，多个病毒在同一个细胞中；B，在放大的图像中可见成熟病毒粒子的外膜和中央电子透光核。2、病毒基因组测序和系统发育分析 1 E! L! Q/ T( R: y T) A5 i
本研究组装得到病毒基因组（NCBI登录号：MW139932）全长为112,043 bp，GC含量为53.5%（表1）。共鉴定出120个ORF在有义（R）和反义（L）DNA链上编码45-1169个氨基酸的蛋白质。其中43个基因与其他虹彩病毒的基因高度同源，并具有明确的功能（图2）。
) a- d+ S B n$ _* m r- H7 S 表1 LYCIV-ZS-2020全长基因组的核苷酸鉴定图2 LYCIV-ZS-2020基因组结构系统发育进化树结果表明，本研究获得的病毒与鲳鲹虹彩病毒系统发育紧密聚集，形成了在亚洲分离的其他海洋鱼类虹彩病毒属中的病毒的亚系（图3），将这种新型病毒命名为大黄鱼虹彩病毒Larimichthys crocea IridovirusZS-2020（LYCIV-ZS-2020）。
) P/ {" \ g- G 图3 LYCIV-ZS-2020和其他代表性虹彩病毒进行系统发育树分析3、MCP的原核表达和纯化以及特异性抗体的产生
+ H3 N: N5 q9 _5 D SDS-PAGE和蛋白质印迹（WB）分析结果表明，MCP蛋白分子量约为50 kDa。免疫荧光法（IFA）显示pcDNA-3.1-MCP重组质粒转染细胞有特异性荧光，而免疫前血清转染细胞中未检测到信号（图4）。 ; A/ g5 t- V0 W, B* p: }
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图4 LYCIVMCP蛋白的表达及抗体的制备4、LYCIV-ZS-2020在大黄鱼中的致病性 " M! @$ m+ ?- A! S
感染LYCIV-ZS-2020的大黄鱼组显示累积死亡率为52%，主要在注射后4至9天死亡。在模拟感染组中，在注射后9，10和12天死亡（图5A）。通过qPCR对组织样本的分析显示，在感染鱼类的脾脏、肾脏、鳃和头肾中检测到LYCIV，在注射后14天内可持续检测到相当数量的病毒基因组拷贝。
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小结
0 Q- j- a& _* J- W' w: r 本研究鉴定出一个新的大黄鱼虹彩病毒株，完成了其全基因组测序，并开展了致病性研究，为大黄鱼虹彩病毒防控奠定了理论基础和数据支持。
" |- N) r/ c, M 凌恩生物具有丰富的病毒基因组项目经验，目前已成功完成猫冠状病毒、疱疹病毒基因组等项目，可以对全新的病毒进行测序分析，利用生物信息分析手段，得到病毒的全基因组序列，解析编码信息，并获得相应的变异信息，多种基因预测软件+人工校正确保基因预测结果更加准确！更有比较基因组分析等满足个性化科研分析要求！ # g% Z. [' O0 d: {$ T
参考文献：Genetic and Pathogenic Characterization of a New Iridovirus Isolated from Cage-Cultured Large Yellow Croaker (Larimichthys crocea) in China. 0 z5 H j* D) q& i9 {1 l
DOI: 10.3390/v14020208
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